开端 - 柯南与灰原0 - 0历史的天空0
“你太不小心了，居然被这个小鬼，给跟踪了。”身穿黑衣的金发男人，看了眼黑衣人，略微责备道。
“对不起，大哥，是我疏忽了，哎？他不是那个，名侦探小鬼吗？”黑衣人目露凶光，然后掏出了手枪。
“等一下，附近有警察，在这里巡逻。”
金发男人伸手阻止了，黑衣人的莽撞举动。
接着，他冷笑一声，从口袋里，掏出了一个盒子。
那里边是一排排的，红白相间的胶囊。
而这就是，故事主线的起因，APTX4869。
“这是组织，开发的新药，用了这种药，警方查不到，我们的证据。”金发男人冷冷笑着。
说罢，他将药塞进了，工藤新一口中，然后，他又从衣服中，将一支试管的水，给工藤新一灌了下去。
而工藤新一在昏昏沉沉中，只能隐隐听到一些，什么毒药的对话，但是，他浑身无力，无法反抗。
“再见了，名侦探。”金发男人摆了下手，然后，便同黑衣人一起扬长而去。他从来不相信奇迹的出现。
“唔，啊，额，啊！！！”工藤新一，痛苦喊道。
他的双手，死死地抓着，地上草坪，继而他的瞳孔，突然放大数倍，接着，他浑身颤抖着，大汗淋漓。
“啊！！！我的身体，好热，骨头，要，要融化了。”工藤新一，视线开始模糊，接着，便失去了意识。
APTX4869的出现，将未来两个人的命运。无限的链接了起来，工藤新一，宫野志保，两人羁绊开始了。
柯南，灰原哀，他们注定，因此而相遇。
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热带乐园，晚上，8：30分。
“少爷，他就是你说的，那位？”
一个红发少女，向一边的少年，疑惑问道。
“嗯，没错，他就是，高中生侦探，工藤新一。”
那个少年，蹲下查看了一下，工藤新一的伤势。
“真是，太不可思议！竟然，真的变小了？”红发少女惊讶地，看着已经变成，小学生的工藤新一。
“工藤新一，应该是被组织的人，灌下了那种药吧。”少年肯定说着，他好像回忆起了什么。
“啊？是那个药吗？”红发少女若有所思问着。
“嗯，没错，APTX4869，不过并没有，研发完成，就是了。”少年给变小的工藤新一，披上了一件衣服。
“少爷，接下来，我们应该怎么做？”
红发少女也蹲了下来，舒了口气问着少年。
“嗯，这样，夏娜，先把他扶到车上。”少年眉头一皱，心中做出了选择，虽然不知道对不对。